Ryzyko związane z wytwarzaniem żywności towarzyszy producentom na wszystkich szczeblach łańcucha produkcyjnego. Już na polu uprawnym może dojść do pojawienia się substancji, które w zbyt dużym stężeniu są szkodliwe i negatywnie oddziaływują na zdrowie konsumentów. Za przykład mogą posłużyć mikotoksyny powstające w pleśniach czy środki ochrony roślin nieodpowiednio zaaplikowane przez hodowcę warzyw. Przy produkcji zwierzęcej można wspomnieć pozostałości antybiotyków, hormonów, zakażenia mikrobiologiczne lub różnego rodzaju zoonozy, czyli choroby odzwierzęce przenoszone na człowieka.
Ten pierwszy etap produkcji spożywczej ma niekiedy decydujący wpływ na jakość i bezpieczeństwo żywności.
Kolejny etap produkcyjny związany jest z transportem i przechowywaniem płodów rolnych. To właśnie tutaj dochodzi najczęściej do kontaminacji takimi elementami ryzyka jak: alergeny, GMO. Również rozwój mikotoksyn przypisywany jest często nienależytemu przechowywaniu zbóż, bez dostępu powietrza przy zbyt wysokiej wilgotności i temperaturze.
W trzecim etapie przetwórczym również dochodzi do niepożądanego przemieszania się składników, różnego rodzaju kontaminacji a także syntezy niepożądanych substancji w trakcie nieprawidłowo zaplanowanego procesu produkcyjnego, np. akrylamid, benzoapiren, nitrozaminy itd. Tutaj wpływ człowieka jest najistotniejszy bowiem może on poprzez odpowiednie działania ograniczyć lub wykluczyć ryzyko dla konsumenta. Pomóc w tym mogą przyjęte powszechnie w praktyce modele oceny ryzyka. Wprawdzie ich podejście do oceny ryzyka jest nieco odmienne jednakże wszystkie te modele zbudowane są w oparciu o te same myśli przewodnie: zdefiniowanie punktów krytycznych, określenie elementów ryzyka, dokonanie jakościowej i ilościowej oceny ryzyka, opisanie sposobów wpływania na zmniejszenie występowania ryzyka, nadanie krytycznych (maksymalnych) poziomów dla punktów krytycznych, określenie metod weryfikacji stężeń lub obecności elementów ryzyka i opracowanie procedur mających na celu zaprowadzenie podjętych decyzji w praktyce.
